寺伝によれば、天長年間(824年~834年)に空海(弘法大師)の高弟 智泉大徳が神護寺の別院として創建したと伝える。その後荒廃したが、建治年間(1175年~1178年)に和泉国槙尾山寺の我宝自性上人が中興し、本堂、経蔵、宝塔、鎮守等が建てられた。
正応3年(1290年)神護寺より独立した。永禄年間(1558 - 1570年)の兵火により堂塔は焼亡し、神護寺に合併されるが、慶長7年(1602年)に明忍律師により再興された。現在の本堂は、元禄13年(1700年)徳川綱吉生母桂昌院の寄進により再建されたものと言われるが、東福門院(後水尾天皇中宮)の寄進によるとする説もある。