永享8(1436)年に日親上人により創建された日蓮宗のお寺です。
足利義教に説法の機会を得たが、受け入れられず逆に投獄されて拷問を受けました。
日親上人は熱せられた鍋をかぶせられたまま説法を説いたといわれており、
「鍋かぶり上人」とも呼ばれ、その後鍋が頭から取れなかったとも言われています。
その後も火災や破壊などで何度も寺はなくなりますが、その度に移建、再建をし今に至っています。
本法寺は日本文化史に大きな業績を残した芸術家として知られる本阿弥光悦とのゆかりも深く、
投獄された際に獄舎で日親上人の教えに感動し、獄舎から開放された後に日親上人より法名を授かり、本法寺の再建に尽力しました。
境内にある国の名勝「三つ巴の庭」は本阿弥光悦の作とされ、
本堂、開山堂、多宝塔、庫裡、書院、大玄関、唐門、鐘楼、経蔵、宝蔵、石橋、棟札などは京都府有形文化財に指定されています。