鹿王院は、足利義満が建立した宝幢寺という寺の塔頭（禅寺等で歴代住持の墓塔を守るために建立される寺院）であった。宝幢寺は応仁の乱で廃絶し、その後は開山の塔頭であった鹿王院のみが残って寺籍を継いでいる。
室町時代の記録である『花営三代記』や、開山伝の『宝幢開山知覚普明国師行業実録』によると、宝幢寺の建立経緯は次のとおりである。足利義満は康暦元年（1379年）のある夜、「そなたは今年中に大患をわずらうが、宝幢菩薩を祀る伽藍を建立すれば寿命が延びるであろう」との夢告を受けた。そのため、義満は自らの帰依する禅僧・春屋妙葩（普明国師）を開山として一寺を建立することとし、康暦2年（1380年）完成した。当初の寺号を興聖寺といい、後に宝幢寺（詳名は大福田宝幢禅寺）に改称したという。鹿王院は、嘉慶元年（1387年）、開山の春屋妙葩の寿塔（生前に造る墓）を守る塔頭として創建されたものである（春屋の死去は翌嘉慶2年・1388年）。
宝幢寺は禅寺十刹の第5位に列せられる大寺であったが、応仁の乱で廃絶。塔頭の鹿王院のみが残った。鹿王院は寛文年間（1661年 - 1673年）、酒井忠知（徳川四天王の一人である酒井忠次の子）によって再興され、忠知の子である虎岑玄竹（こしんげんちく）が中興開山となった。
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