金剛院(こんごういん)は京都府舞鶴市にある真言宗東寺派の寺院。山号は鹿原山、寺号は慈恩寺。本尊は波切不動明王。
三島由紀夫の小説「金閣寺」の舞台である。 秋には、江戸時代に細川幽斎(藤孝)が鶴亀の庭とともに植樹された楓が有名で多くの参拝がある。
寺伝では、天長6年(829年)、高岳親王(たかおかしんのう、799 - 865)が創建したという。高岳親王は平城天皇第3皇子で、嵯峨天皇の皇太子となったが、薬子の変に連座して皇太子位を廃された。親王は後に空海の弟子となり、真如法親王とも呼ばれる。
室町時代には三重塔が再建された。